Pro dan kontra mengenai gagasan "Islam Nusantara" sebagai tema utama Muktamar NU ke-33 terus berlanjut. Sejumlah Kyai NU di Jember, Jawa Timur mengaku tidak baiklah dengan istilah Islam Nusantara. Mereka lebih cenderung dengan Islam Rahmatan lil Alamin.
Seperti diketahui Muktamar ke-33 NU di Jombang mendatang akan mengambil tema sentral “Meneguhkan Islam Nusantara untuk peradaban Indonesia dan dunia”. Tema ini secara resmi diluncurkan di gedung PBNU, Jakarta pada Senin malam (09/03) lalu.
Menurut kalangan NU yang menolak, istilah Islam Nusantara mempersempit ruang lingkup Islam dan cenderung eksklusif.
”Padahal NU sendiri tidak hanya di Indonesia tapi juga berkembang di luar negeri. Bagaimana dengan teman-teman NU yang berada di Singapura, Malaysia dan sebagainya,” kata KH Misbahussalam, Wakil Ketua Pengurus Cabang Nahdjatul Ulama (PCNU) Kabupaten Jember kepada wartawan, Selasa (7/7/2015). 
Bahkan, berdasarkan Misbah, ada dugaan disosialisasikannya Islam Nusantara untuk mengakomodasi pedoman Syiah, Islam Liberal, Wahabi dan idelogi lain yang bertentangan dengan Ahlussunnah Wal Jamaah (Aswaja).
Apalagi mulai muncul pendapat bahwa Syiah di Indonesia ada lebih dulu ketimbang Sunni. Artinya, Syiah harus diakomodasi oleh Islam Nusantara alasannya yaitu bab dari khazanah atau kekayaan agama Nusantara. ”Panitia Muktamar harus mengganti istilah Islam Nusantara dengan istilah yang tidak bertentangan dengan ideologi NU,” katanya.
KH Muhsyiddin Abdusshomad, Rais Syuriah PCNU Kabupaten Jember juga minta biar Panaitia Muktamar NU ke-33 menggunakan Islam Rahmatan Lil Alamin yang selama ini sudah jadi jati diri NU. “Istilah Islam Rahmatan lil Alamin yang digunakan selama ini sudah benar alasannya yaitu ada rujukannya dalam Alquran,” katanya, Selasa (7/7/2015).
Menurut dia, istilah Islam Nusantra tak punya sumber baik dalam Alquran, hadits, ijma’ maupun qiyas. ”Justru banyak pihak baik di internal maupun eksternal NU menyerang NU alasannya yaitu problem istilah Islam Nusantara,” kata Kiai Muhyiddin.
KHA Muhith Muzadi juga mengaku tak baiklah dengan istilah Islam Nusantara. Alasannya, Islam itu satu. Yaitu Islam yang sudah terang ajarannya. “Rumusan khittah itu sudah terang dan itu yaitu ideologi NU. Kalau Islam Nusantara niscaya ada mafhum mukholafah. Berarti Islam non Nusantara,” kata kiai penggerak khittah NU 26 yang diratifikasi KH Ahmad Siddiq itu.
Al-Qur'an surah Ali Imran 19: "Innaddiina indhallahil Islam". Tidak ada tuh "Innaddiina indhallahil Islam Nusantara".
